馬蕭當選後任命東吳大學校長劉兆玄（曾任交通部長、副閣揆及交通大學校長）出任閣揆，馬蕭劉體制終於成形。

　　親共與反共

　　在競選期間,謝蘇及陳水扁總統全面攻擊馬英九,斥之為親共、賣台、聯中制台之士,但前總統李登輝卻認為馬英九始終堅決反共。他們的看法為何展現如此巨大的差異?

　　筆者深入分析馬英九的政治理念及政策主張,發現李登輝及扁蘇謝從不同的角度來觀察馬英九。李登輝認定馬英九「一向反共」,因馬始終反對中共的一黨專政､六四鎮壓﹙馬每年均參加六四悼念活動﹚?「反分裂法」?北京對台的飛彈部署?中共對台的外交打壓及武力威脅。

　　 然而?在經貿上?馬英九力主兩岸三通?包機直航?陸資及陸客登台?恢復兩岸兩會﹙海基會與海協會﹚的協商機制及經貿關係正常化等開放?理性務實政策，反對民進黨的鎖國及兩岸對抗政策。民進黨人士堅持其理念與政策,因而認定馬英九為賣台､親共之士。他們漠視﹙其實是拒絕承認﹚新政府的政經分離的原則。

　　國民兩黨的嚴重分歧

　　在馬英九的支持下，蕭萬長最近以「兩岸共同市場基金會」董事長的身份率團出席在海南舉行的「博鰲論壇」年會，並與中國國家主席胡錦濤會談。蕭萬長提出「正視現實､開創未來､擱置爭議､追求雙贏」十六字箴言，期盼雙方合作，開創一個互利雙嬴的新時代，並提出兩岸直航､陸客赴台､經貿關係正常化､恢復兩岸協商機制等希望。胡錦濤同意蕭萬長的主張，並作出明確的回應。

　　陳水扁執政轉瞬八年，兩岸關係也已冰凍八年，「蕭胡會」終於打破一塊堅冰，兩岸關係開始解凍，蕭萬長的海南之行實是「融冰之旅」，因雙方達致頗多共識:雙方同意擱置爭議（如主權、外交、一中等爭議）；務實面對現實及現狀，共同追求雙嬴的經貿合作；恢復兩岸兩會的協商機制；及展開有關經貿問題（包括經貿關係正常化）之磋商。

　　蕭萬長的「融冰之旅」雖多成果，雙方的經貿關係在新政府成立後應可取得重大進展，但兩岸之間的政治問題仍是堅冰一塊，雙方因而同意擱置政治爭議，共同推展兩岸的經貿關係。

　　雖然台灣有關各方多肯定蕭萬長的海南之行，但陳水扁卻認為蕭被「矮化」;副總統呂秀蓮認為「蕭胡會」是中共的「統戰秀」;民進黨立院黨團則斥之為「四個矮化」:地方化､特首化､國內化、一中化，以呼應阿扁所說的地方化、邊緣化、去主權化與去政府化。民進黨堅持鎖國心態及兩岸對抗，漠視兩岸經貿合作所可能帶來的經濟利益──國民兩黨的嚴重分歧非常明顯。

　　維護台灣的權益

　　蕭胡會後，蕭萬長與中國商務部長陳德銘共同主持「台灣經濟與兩岸經貿展望圓桌會議」。會後商務部即在會場外發出一份新聞稿，強調雙方「希望盡快在一個中國原則下，恢復兩岸協商」。蕭萬長顯然非常憤怒，並立刻提出抗議，公開否認圓桌會議達致在「一中」原則下恢復協商之共識──雙方的政治矛盾立即浮現，因新政府只可能接受「一中各表」的「九二共識」，絕不可能同意中共的「一中」原則，因在「一中」原則下，台灣明顯淪為地方政府，商務部稍後被迫修正新聞稿，刪除「一中原則」之說，蕭萬長終於取得一項重大的勝利。

　　在兩岸問題上，馬英九團隊其實十分謹慎。蕭萬長認為，兩岸融冰需要時間與智慧，快速融冰可能造成洪水，故不能有時間表;馬英九則表示，兩岸冰封八年，不是一日之寒，故必須穩健前進，步步為營。馬團隊十分瞭解兩岸之間的政治及其他有關問題，因而採取謹慎､務實､理性的態度及政經分離和經先政後的原則來處理兩岸問題。

　　在博鰲論壇年會中及蕭胡會談時，蕭萬長堅持原則（如堅拒中共的一中原則），但理性務實地面對及處理兩岸的經貿問題，擴大台灣的國際參與，維護台灣的權益。

　　維持現狀與共同市場

　　中共視台灣為中華人民共和國之一部份，堅持一國兩制、一黨專政、對台外交打壓及武力威脅等政策，與新政府所堅持的反共理念、民主化、獨立自主及不受制於中共等主張實是南轅北轍。因此，馬蕭劉就職後，兩岸的經貿關係雖將有重大進展，但兩岸之間的政治矛盾仍將持續。新政府有鑒於此，明智地採行政經分離的原則，積極推動互利雙嬴的務實經貿政策。

　　然而，在政治上，馬團隊雖然反共，但卻採行「不統、不獨、不武」及「維持現狀」(其實就是維護台灣實質獨立的現狀)之大陸政策，以維護台海和平及台灣的安全，並希望未來構建擱置主權爭議的兩岸共同市場，建立長久的台海和平，以便兩岸各自追求其發展目標。